Geboren 1930 in Wien, begann schon sehr früh Klavier zu spielen, ehe sie mit 9 Jahren die Liebe zur Geige entdeckte. Während ihres Musikstudiums (Klavier und Violine) lernte sie Nikolaus Harnoncourt kennen. Nach mehrjährigem Musizieren und Experimentieren auf historischen Musikinstrumenten im privaten Kreis gründete sie 1953 mit ihrem Mann und einigen anderen Musikern den Concentus Musicus Wien. 30 Jahre lang prägte sie den Concentus Musicus als Konzertmeisterin und Solistin und spielte anschließend am ersten Geigenpult bis zum letzten von Nikolaus Harnoncourt dirigierten Konzert. Ihren Künstlerkollegen war sie Mutter und Herz des Ensembles.
Alice Harnoncourt ist Herausgeberin der Sammlung von Tagebuchaufzeichnungen und Notizen von Nikolaus Harnoncourt: Wir sind eine Entdeckergemeinschaft. Aufzeichnungen zur Entstehung des Concentus Musicus (Residenz 2017) und der persönlichen Familienchronik von Nikolaus Harnoncourt: Meine Familie (Residenz 2018).